Teori ketiga yang paling kontroversial mengenai hilangnya Amelia Earhart dan Fred Noonan menyatakan bahwa Jepang menyandera keduanya. Dalam teori ini diklaim bahwa Jepang menangkap mereka di Kepulauan Marshall, Samudera Pasifik, karena Jepang mencurigai mereka sebagai mata-mata Amerika Serikat. Mengingat situasi geopolitik yang tegang menjelang Perang Dunia II, beberapa orang berpendapat bahwa Jepang melihat keberadaan Earhart dan Noonan sebagai ancaman.
C Rollin Reineck, seorang pensiunan kolonel Angkatan Udara AS, mengungkapkan pandangan yang mendukung teori ini dalam bukunya Amelia Earhart Survived. Reineck berpendapat bahwa Earhart sengaja mendaratkan pesawatnya di Kepulauan Marshall untuk tujuan yang berhubungan dengan keamanan nasional. Ia mengusulkan bahwa Earhart dan Noonan tidak tewas dalam kecelakaan, melainkan disandera oleh pihak Jepang untuk tujuan pengintaian militer.
Lebih lanjut, ada klaim bahwa Earhart mengganti identitasnya setelah kejadian tersebut dan tinggal di Amerika Serikat sebagai Irene Craigmile. Ia dikatakan menikahi Guy Bolam dan akhirnya meninggal di New Jersey pada tahun 1982. Klaim ini didukung oleh beberapa foto dan analisis tulisan tangan yang dianggap memiliki kemiripan dengan Earhart.
Meskipun banyak orang meragukan klaim tersebut, teori konspirasi penyanderaan ini terus menjadi perdebatan di kalangan ahli sejarah dan penggemar teori konspirasi. Sampai kini, meskipun tak ada bukti yang dapat memvalidasi teori ini, pembahasan mengenai nasib misterius Amelia Earhart dan Fred Noonan terus hidup dalam berbagai diskusi.